Duda sobre impuestos y boleta de honorarios

Hola gente! Tengo una duda acerca de mi sueldo. Lo cierto es que comencé a trabajar hace poco y estoy con boleta de honorarios. El tema es que cuando entre quedamos en que mi sueldo era de X liquido, y efectivamente me transfirieron eso (e hice la boleta por ese monto tal como ellos me dijeron). Pero ahora me di cuenta que en el SII estoy debiendo los impuestos de esa boleta (2da categoría) y tengo que pagarlo yo mismo. Mi pregunta es ¿dicho impuesto se considera en el sueldo bruto? Porque yo tenía entendido que el sueldo liquido es lo que uno recibe luego de todos los descuentos legales, y que queda 100% para uno, pero de lo que recibí igual voy a tener que pagar el impuesto.

Disculpen si la pregunta es muy estúpida, pero soy un ignorante en cuanto a impuesto y todo esto es nuevo para mi :d